Climate change intensifies rapid genomic selection beyond the ancestral niche of Fagus sylvatica
该研究利用欧洲山毛榉不同生长阶层的基因组数据发现，尽管气候变化已驱动该物种在超出其祖先生态位的区域发生快速基因组选择以适应高温干旱，但预测表明若维持高排放情景，气候变化的速度将最终超越其进化适应能力。
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460 篇论文
Cellular transcriptomics reveals evolutionary adaptation and rumination of vertebrate stomachs
该研究通过构建涵盖 23 种脊椎动物的单细胞与空间转录组图谱，揭示了胃在应对饮食多样化（特别是植物性饮食）过程中的细胞与分子进化适应机制，并鉴定出如 LUC7L 等关键基因在调控反刍动物胃运动及多室胃功能中的核心作用。
Characterizing Physicochemical Selection in Protein Evolution with Property-Informed Models (PRIME)
该研究提出了 PRIME 框架，通过引入氨基酸理化性质（如分子体积、疏水性等）来构建最大似然进化模型，从而将抽象的进化速率转化为可解释的生物物理规则，显著提升了检测蛋白质序列中理化选择约束的能力并揭示了其背后的分子机制。
Ancestral secretory programs underlie the evolution of morphological innovations across Spiralia
该研究通过构建太平洋牡蛎外套膜的单细胞转录组图谱，揭示了软体动物壳形成细胞类型是建立在旋涡动物祖先上皮分泌系统基础上的近期演化创新，其多样性源于对古老遗传程序的反复招募与新基因的协同作用。
Stranger Swings: Temperature-Dependent Upsides and Downsides of a Densovirus in Aedes albopictus
该研究发现，尽管白纹伊蚊感染 AalDV2 病毒会导致发育延迟和体型减小等适应度代价，但在极端高温（34°C）下却表现出意想不到的生存优势，揭示了温度依赖性的病毒保护效应，这对气候变化背景下的蚊虫生物防治策略提出了新的挑战。
Thermoregulatory Constraints on Regenerative Competence: Evolutionary Trade-Offs Between Metabolic Homeostasis and Tissue Repair
该研究提出“热调节再生范围理论”，认为恒温动物（如哺乳类和鸟类）为维持体温而特化的产热性钙离子循环机制，在促进代谢稳态的同时激活了炎症与纤维化通路，从而在进化上牺牲了复杂组织（如中枢神经系统）的再生能力。
Trait evolution with incomplete lineage sorting and gene flow: the Gaussian Coalescent model
该论文提出了名为“高斯溯祖”（Gaussian Coalescent）的新模型，通过结合不完全谱系分选（ILS）和基因流效应，利用高效的单次遍历算法计算方差矩阵，从而在模拟和番茄花性状数据分析中显著优于忽略 ILS 的传统模型，为同时考虑基因渐渗和不完全谱系分选的系统发育比较方法开辟了新途径。
An accessible transfection protocol for choanoflagellates
该研究开发了一种低成本且高效的自制电转染缓冲液，成功替代了昂贵的专有试剂，从而显著降低了领鞭毛虫遗传学研究的门槛并促进了该领域的广泛参与。
Most Beefalo cattle have no detectable bison genetic ancestry
该研究通过基因组分析发现，大多数所谓的“美洲野牛牛”（Beefalo）实际上并未检测到可识别的野牛遗传成分，且无一符合其品种协会规定的3/8野牛血统标准，从而质疑了该品种的定义并揭示了物种间杂交存在的显著基因流动障碍。
Extinction vortices are driven more by a shortage of beneficial mutations than by deleterious mutation accumulation
该研究表明，在驱动种群灭绝漩涡的遗传机制中，有益突变匮乏（“突变干旱”）的重要性不亚于甚至超过有害突变积累（“突变崩溃”），因此长期保护工作应重视种群的适应潜力而不仅仅是有害负荷。
Dissecting Cold Tolerance in Drosophila ananassae: A Multi-Phenotypic and Bulk Segregant Analysis
该研究通过结合多种表型测定与混合分组分析，揭示了果蝇（*Drosophila ananassae*）耐寒性存在性别差异且不同表型间相关性较弱，并定位了 16 个与耐寒性显著相关的基因组区域，其中富集了肌肉发育、代谢过程及细胞骨架蛋白结合相关基因，从而阐明了自然种群中适应性表型变化的遗传架构。
Ancestral splice variation is a substrate for rapid diversifcation in African cichlids
该研究通过对非洲慈鲷鱼转录组的分析发现，祖先来源的剪接变异（而非基因表达水平的变化）是驱动其快速适应性辐射和生态多样化的关键分子机制，表明可变剪接是生物在极短时间内产生进化创新的重要来源。
Modular and redundant genomic architecture underlies combinatorial mechanism of speciation and adaptive radiation
该研究通过对维多利亚湖 107 种慈鲷的分析发现，杂交产生的模块化、冗余且低多效性的基因组架构，能够像乐高积木一样通过重组产生多样的性状组合，进而驱动了该鱼类类群的超快速适应性辐射与组合式物种形成。
Reproduction emerges from ecological interactions at the onset of multicellularity
该研究通过计算模型证明，多细胞生物的繁殖方式并非预先设定，而是通过自然选择将单细胞祖先用于生态互作的分子程序“共选”重组，从而在资源空间分布的驱动下演化出具有单细胞传播阶段的生命周期。
diempy: fast and reference-free genome polarisation
本文介绍了 diempy，这是一个高效且无需参考面板的 Python 工具，用于执行基因组极化分析，并提供从数据转换、灵活掩膜处理到混合指数可视化及祖先片段检测等全套功能，从而推动种群结构、基因渐渗及物种界限研究的实用性与可重复性。
Asymmetric biparental but inefficient horizontal transmission of paralysis-causing sigmavirus in Queensland fruit fly
该研究揭示了昆士兰实蝇中麻痹性西格玛病毒（BtSV）虽呈低水平流行且具备双亲垂直传播及水平传播能力，但父系传播效率低下且易丢失，而病毒感染会显著增加宿主在高浓度二氧化碳下的瘫痪与死亡率，提示该病毒可能广泛影响节肢动物的传播动力学及其害虫管理策略。
Sexually antagonistic environments and the stability of environmental sex determination
该研究表明，性拮抗环境效应（Charnov-Bull 效应）的具体函数形式会显著影响环境性别决定（ESD）系统的进化稳定性，可能导致强性别偏向等位基因在中间频率处稳定存在，从而形成遗传与环境共同作用的混合 ESD 系统。
Pervasive positive selection on X-linked ampliconic genes in primates
该研究利用八种灵长类动物的端粒到端粒基因组组装，揭示了 X 连锁扩增基因家族在灵长类演化中普遍受到正选择驱动，而 Y 连锁基因家族则主要受纯化选择约束，暗示精子竞争或减数驱动可能是推动这些睾丸特异性基因快速演化的关键因素。
Experimental evolution reveals bifunctional genetic solutions to loss of trpF in Salmonella enterica
该研究通过大肠杆菌沙门氏菌的实验进化，揭示了在缺乏 trpF 基因的情况下，细菌可通过 hisA 或 trpA 基因的点突变进化出兼具新功能的遗传解决方案，从而在不依赖基因复制的情况下恢复色氨酸生物合成途径。
A ribozyme mass extinction at the RNA-cellular boundary and its potential imprint on the genetic code
该研究提出，约 39 亿年前由地球化学变化引发的核酶大灭绝事件筛选出了具有“灾难物种”特征的锤头状核酶等幸存者，其生态遗留特征（如 RNA 降解三核苷酸演变为终止密码子）深刻塑造了遗传密码的起源与结构。